苗刘闻讯大为惊恐，知道这四大将领的厉害，凭他们二人，绝对不是勤王大军的对手，被迫接受朱胜非和冯轓的提议，率百官奏请赵构复辟。于是隆裕太后下诏，赵构再次重登皇位。苗刘还不放心，要求赵构赐予免死的铁券，准予免于追究他们政变的责任

赵构知道两人学识不丰，在铁券上写着“除大逆外，余皆不论，苗刘不察，”，苗刘二人看着免死铁券，以为日后可以保命，殊不知依然难逃杀身大祸。

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仅仅数日，大将韩世忠就率领勤王大军，杀到临平，率军力战，大破叛军苗翊与马柔吉，挺进北关。眼看其他各路人马，也已经相继杀到，苗、刘二人自知难以抵挡，率精锐两千人，拿着赵构所敕赐铁券逃出临安城，同时命令手下纵火，想将临安城变成一片火海，但天降大雨，火不能起。两人阴谋落空。

勤王军刘光世、张浚、韩世忠、张俊、吕颐浩等入城，，赵构握住韩世忠的手痛哭，请求他们擒王平叛，并下诏只追究苗傅、刘正彦、王钧甫、马柔吉、张逵等的责任，其他军官士兵皆不追究。

诏书一出，叛军之中将士，人心大乱，王钧甫想率军投降，但其部下张翼等人斩了王钧甫，马柔吉投降。王世修则是被擒之后，被判罪处死。

苗傅、刘正彦两人率军逃亡，沿途劫掠各地郡县，韩世忠率领人马乘胜追击，在浦城将刘正彦擒获。苗傅侥幸逃脱，隐姓埋名，流窜到建阳，被韩世忠手下的将士发现，抓获归案，于是韩世忠宣布班师回到临安。

苗傅、刘正彦被擒，拿出皇上赵构敕赐的免死铁券，韩世忠看后，微笑说道，“皇上所言，除大逆外，余皆不论，你二人恰恰就是谋反大逆之罪，岂有饶恕之理。”苗刘二人最终落了个凌迟处死的下场。

赵构封赏平乱功臣。升吕颐浩为尚书右仆射；升李邴为尚书右丞；封韩世忠为少保、武胜、昭庆两镇节度使，御书“忠勇”赞扬其忠心，另外封其夫人梁氏为护国夫人。一人兼两镇节度使及功臣之妻受封赏皆始于此。张浚则自请前往川陕一带防守，被封为宣抚处置使。

一场苗刘兵变的闹剧，终于落幕。但是此事在赵构心里，却留下了巨大的阴影。从此以后，赵构更加不再希望卧薪尝胆，举兵抗金，迎取二圣还朝，而且对武将，不再信任，时刻担心他们，有朝一日拥兵自重，必定再起反叛之心。