- 权力集中风险：朱佑樘过度依赖内阁，虽提高了决策效率，但权力过度集中于内阁和皇帝，缺乏有效权力制衡机制，一旦内阁出现权力争斗或皇帝决策失误，可能导致政策偏差和政治混乱。

- 改革不彻底：尽管朱佑樘大力整顿吏治，裁汰了大量传奉官，但未能从根本上解决明朝官僚体制中的深层次问题，如科举制度的僵化、官员考核标准的不完善等，这些问题在后期仍对明朝政治产生了负面影响。

——经济上

- 财政隐患：大规模的水利工程建设和减免赋税，虽短期内促进了经济发展和社会稳定，但也给国家财政带来了巨大压力。为弥补财政缺口，明朝后期不得不增加一些赋税项目，加重了百姓负担。

- 经济结构单一：朱佑樘的经济改革主要集中在农业领域，对商业和手工业的重视不足。明朝经济结构仍以传统农业为主，商业和手工业发展受到一定限制，不利于经济的多元化发展和资本主义萌芽的成长。

——军事上

- 军事制度问题遗留：朱佑樘加强边防主要依靠增修工事和选拔将领，未对明朝的军事制度进行全面改革。卫所制度的弊端依然存在，军队战斗力提升有限，士兵待遇低、训练不足等问题未得到根本解决，为明朝后期军事危机埋下隐患。

- 战略局限性：明朝在朱佑樘时期采取的军事策略以防御为主，缺乏积极主动的战略进攻意识。这种战略局限性使得明朝在面对边疆威胁时，处于被动地位，难以从根本上消除外敌隐患。

——客观总结：

优点

- 政治成就斐然：即位后斥退奸佞，如罢黜内阁首辅万安，淘汰一千多名传令官等。重开午朝，恢复经筵侍讲，与大臣共议国事。遵从唯贤唯德任用官员，重用王恕、马文升、刘大夏等贤臣。重新规定官员考核制度，严格执行京察和外察。

- 经济举措利民：多次减免灾区粮赋，在位期间减免赋税数额巨大。下诏减省光禄寺费用，屡次明令禁止宗室、勋戚侵占民田。兴修水利，如命徐贯主持治理苏松河道，促进了农业发展。

- 军事有所作为：重视边防，面对吐鲁番对哈密的侵扰，坚决出兵收复哈密，委派马文升为元帅，大败吐鲁番军。组织修建长城等防御工事，加强北方边防，还取得了贺兰山大捷等军事胜利。

- 司法注重公正：组织编纂《大明会典》，修订《问刑条例》，删除《大明律》中多项残暴法令。任用贤明公正的执法官吏，要求内外慎刑狱，提高了司法公正性。

- 个人品德高尚：躬行节俭，禁止内府加派御用物料，减少供御物品。宽厚仁慈，对上书冒犯的平民缪恭也未加罪。与张皇后感情深厚，一生只有一位皇后，堪称封建帝王中的典范。

不足

- 军事战略局限：对蒙古侵略消极应对，最终导致明朝对河套地区彻底失控。战略上以防御为主，缺乏积极进攻意识，难以从根本上消除外敌隐患。

- 后期用人失误：在位中后期宠信宦官李广、李兴等，他们仗势擅权、收受贿赂、侵占民田，而朱佑樘对大臣的弹劾置若罔闻。

- 外戚管理失当：对张皇后亲属过于纵容，多次加封皇后亲属，对张家兄弟的违法行为视而不见，上书弹劾的大臣反而被关进监狱。

- 改革不够彻底：虽进行了诸多改革，但未能从根本上解决明朝官僚体制、土地兼并等深层次问题，为明朝后期的发展埋下了隐患。民间

- 阶层矛盾缓解有限：禁止土地兼并等措施在一定程度上缓解了社会矛盾，但未能从根本上改变封建土地所有制，土地兼并现象在后期仍时有发生，农民与地主阶级的矛盾依然存在，社会阶层固化问题未得到有效解决。

- 思想禁锢问题：朱佑樘重视文化教育，但明朝的教育体系仍以儒家经典和科举考试为核心，思想禁锢较为严重，不利于思想文化的多元化发展和创新。